coremicrobiome               package:unknown               R Documentation

Anlise do Core Microbime para estudos de Ecologia Microbiana

Description
Atravs da anlise de presena e ausncia de OTUs, podemos determinar o core microbiome, que consiste no conjunto estvel de membros compartilhados entre diferentes grupos de amostras, ambientes ou tratamentos.

Usage
coremicrobiome <- function(otu_table, numbercateg, namecateg)

Arguments
otu_table: Dataframe (otu_table). O arquivo otu_table deve seguir o formato clssido do Qiime, podendo conter ou no informaes taxonmicas. 
Ver: https://www.drive5.com/usearch/manual/qiime_classic.html

numbercateg: Nmero de categorias. Para esta funo, limitaremos o nmero de categorias a quatro. A partir de cinco categorias, o Venn Diagram se torna pouco intuitivo. Sugiro a utilizao de scatterplot para cinco ou mais categorias. 

namecateg: Nome das categorias. Importante: Cada categoria deve conter um conjunto de letras possveis de serem utilizados como identificadores nicos. 

Details
Atravs desta funo podemos determinar o core microbiome de diferentes grupos de amostras, ambientes ou tratamentos anlisando a presena e ausncia de OTUs
nos diferentes grupos avaliados. Sero considerados pertencentes ao core microbiome apenas as OTUs presentes em 100% das amostras das categorias comparadas. 

Value
Esta funo retornar uma lista com o nmero de OTUs (e suas respectivas identificaes) que foram consideradas core microbiome para as categorias anlisadas. 
Venn Diagram com os valores de core microbiome de cada categorias e os valores de core microbiome entre categorias. 

Author
Francielli Vilela Peres
francielliperes@usp.br

References
*SHADE, A.; HANDELSMAN, J. Beyond the Venn diagram: the hunt for a core microbiome. Environmental Microbiology, v. 14, n. 1, p. 4-12, 2012.
*ZAURA, E.; KEIJSER, B. J. F.; HUSE, S. M.; CRIELAARD, W. Defining the healthy core microbiome of oral microbial communities. BMC Microbiology, p. 1-12, 2009.
*NAM-PHUONG NGUYEN, N.; WARNOW, T.; MIHAI POP, M.; WHITE, B. A perspective on 16S rRNA operational taxonomic unit clustering using sequence similarity. Biofilms and Microbiomes, 2016.


Examples

## Dataframe de Input

otu_table <- read.csv("otu_table.csv", header=TRUE, row.names=1, sep=";", dec=".")
otu_table

	 Cnt1	Cnt2	Cnt3	Lag1	Lag2	Lag3	Mar1	Mar2	Mar3	Esg1	Esg2	Esg3 
OTU1	 30.0	21.0	13.0	12.0	300.0	15.0	0.0	3.0	7.0	5.0	0.0	1.0
OTU10	 32.0	120.0	41.0	10.0	482.0	42.0	219.0	86.0	507.0	0.0	3.0	1.0
OTU100	 6.0	2.0	0.0	1.0	2.0	0.0	1.0	3.0	0.0	122.0	382.0	793.0
OTU1000	 1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	2.0
OTU1001	 11.0	2.0	0.0	1.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1002	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	9.0	0.0	0.0
OTU1003	 0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	8.0	0.0
OTU1004	 0.0	24.0	0.0	0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1005	 7.0	0.0	9.0	0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1006	 11.0	23.0	19.0	56.0	14.0	76.0	0.0	7.0	7.0	0.0	0.0	0.0
OTU1007	 9.0	0.0	3.0	0.0	7.0	0.0	7.0	0.0	2.0	7.0	2.0	8.0
OTU1008	 0.0	18.0	18.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1009	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	13.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1010	 4.0	17.0	24.0	20.0	43.0	82.0	0.0	0.0	28.0	0.0	0.0	0.0
OTU1011	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	10.0	0.0	0.0	26.0	0.0	0.0	0.0
OTU1012	 7.0	0.0	3.0	3.0	0.0	2.0	0.0	0.0	0.0	18.0	5.0	7.0
OTU1013	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1014	 0.0	0.0	0.0	28.0	2.0	10.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0
OTU1015	 0.0	7.0	8.0	2.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	2.0	53.0	0.0
OTU1016	 0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	3.0	0.0	2.0
OTU1017	 0.0	32.0	25.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0


## Output

Esta funo retornar uma lista com o nmero de OTUs (e suas respectivas identificaes) que foram consideradas core microbiome para as categorias anlisadas. 
Venn Diagram com os valores de core microbiome de cada categorias e os valores de core microbiome entre categorias. 









